动物转录因子注释和预测,这个数据库就够用啦!

时间:2021-6-12 作者:qvyue

转录因子(Transcription factors, TFs)作为转录调控的重要组成部分,鉴定、分类和注释转录因子以及分析转录因子的调控和功能等一直是研究的热点和基础。

来自华中科技大学的研究人员开发了动物转录因子注释和预测的综合资源:动物转录因子数据库(AnimalTFDB),旨在为动物转录因子及其辅助因子提供最全面、准确的信息资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

动物转录因子注释和预测,这个数据库就够用啦!

AnimalTFDB包含来自97个动物基因组的125,135个转录因子基因和80,060个转录辅助因子基因。其对转录因子及其辅因子进行了全面的注释和分类,将为转录因子和转录调控的研究提供综合资源。

为什么要构建AnimalTFDB?

动物转录因子缺乏专用数据库 

转录因子是一类具有特异DNA结合结构域的特殊蛋白,与靶基因特异性结合,促进或抑制基因转录,在各种生物过程中起着关键作用。准确识别转录因子是研究转录因子功能的基础。

在动物转录因子数据库中,虽然有人类转录因子数据库和调节因子数据库等,但它们分别关注于单个基因组和77种后生动物。AnimalTFDB是第一个最全面的动物转录因子数据库,包括全基因组转录因子和辅助因子的分类和注释。

AnimalTFDB最早于2011年建成,目前已升级至AnimalTFDB3.0版,其被数百万人访问,数百人引用,并广泛应用于动物转录因子和转录因子预测的功能研究。

AnimalTFDB能做什么?

Browse

可根据家族和物种分类对AnimalTFDB中的转录因子进行搜索/查询,搜索/查询结果提供转录因子详细信息、基因类型/蛋白功能域信息、DNA结合结构域的多序列比对、转录因子的多重比对weblogo图、转录因子相关GWAS表型、Paralog和Ortholg等信息。

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通过家族分类查询示例

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通过物种分类查询示例

Search

数据库导航栏搜索框提供快速搜索功能,可使用:Ensembl ID、Entrez ID或基因名称进行搜索。

点击导航栏Search按钮可进入高级搜索页面,根据转录因子登录号/名称、基因注释信息、基因表达信息(针对人属)、蛋白表达信息(针对人属)进行搜索。

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Search功能示例

Prediction

Predict TF:可对已知的蛋白序列进行转录因子预测,支持一次上传高达1000个蛋白序列,并在几分钟内获得结果。

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TF prediction功能示例

Predict TFBS:可以对已知核酸序列的转录因子进行结合位点的预测。

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TF binding site prediction功能示例  


Blast

用户可利用蛋白或DNA序列在数据库中搜索转录因子及其辅助因子,以找到同源基因并探索新的转录因子功能, 可以选择所有物种或特定物种的蛋白序列作为BLAST的比对数据库。

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Blast功能示例

AnimalTFDB中相关数据可在Download页面下载。

动物转录因子注释和预测,这个数据库就够用啦!

为了方便用户直接浏览或搜索人类转录因子,研究团队单独建立了一个人类转录因子数据库的网页(HumanTFDB,http://bioinfo.life.hust.edu.cn/HumanTFDB/)。在HumanTFDB中,用户可浏览、搜索和下载human 转录因子及其辅助因子,同时保留了“Predict TF”、“Predict TFBS”和“Blast”工具。

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AnimalTFDB访问地址:http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/

首发公号:国家基因库大数据平台

参考文献

Hu H, Miao YR, Jia LH,et al.AnimalTFDB 3.0: a comprehensive resource for annotation and prediction of animal transcription factors[J].Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D33-D38.

图片来源:均来源于参考文献,如有侵权请联系删除。

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