readmaf读取样本名报错

时间:2021-6-19 作者:qvyue

一、isTCGA是个什么参数,到底什么时候加?

首先,对读取gz格式还是txt格式没有啥特别要求

readmaf读取样本名报错
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二、但是读取后,样本名称有显著改变,即sampl barcode有差异

isTCGA = T

readmaf读取样本名报错
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isTCGA = F及为默认值

readmaf读取样本名报错
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嘻嘻,在这里可能暂时看不出来有啥用,但你挑选标本就好用多了
这里报错的原因就是,maf和你提供的样本名不一致导致的

readmaf读取样本名报错
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三、这里提供一个筛选的标准流程

#---临床信息获取,并提取行名1——12位-----------------
clindata$sample %subsetMaf(tsb = ID1)
maf2 %subsetMaf(tsb = ID2)

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