conda 安装R语言及其R包

时间:2021-6-4 作者:qvyue

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00 缘起

最新的R 3.5 版本特别难安装,而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式总是出错,R3.5的更新依赖太多,需要安装很多依赖软件,废了很大的劲依旧没有成功。

用conda很轻松安装上了R3.5.1版本。安装上了R3.5.1后,我用install.packages的 包, 安装stringi时报错。我又尝试用conda安装结果也很轻松就安装上了。

总之,conda能很轻松的安装上R3.5和R包

01 下载conda

  • windows 到清华 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载对应版本安装即可
  • linux 下载命令示例
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

02 安装conda

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
Please, press ENTER to continue>>> # 此处直接点击enter即可 ===================================Miniconda End User License Agreement===================================.......# 这里点击好几次空格键,直到出现下面行 Do you accept the license terms? [yes|no][no] >>> # 这里输入yes,点击enter# 如果输入错误,比如输入yess,又删除不了,此时你应该按enter,重新输入yes即可 [/home/you/miniconda2] >>> # 遇到此处时,直接enter即可# 这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径 installation finished.Do you wish the installer to initialize Miniconda2in your /home/you/.bashrc ? [yes|no][no] >>> # 这里输入yes# 刚开始学的人最好输入yes,目的是让conda自动给你配置环境变量# 输入yes的结果是:~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息# less ~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下:# added by Miniconda2 4.5.12 installer....... Thank you for installing Miniconda2!# 出现这个代表安装成功 # 执行下面语句source ~/.bashrc# 执行后,本身就是没有任何提示 conda --help# 出现conda的帮助文档信息,即表明conda安装成功# 这里很重要,不管安装什么软件,都要检测是否安装成功!# 如下所示usage: conda [-h] [-V] command ... conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages. Options:...... # 继续调取conda子命令的帮助文档,如conda create --helpconda install --help

003 配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgeconda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondaconda config --set show_channel_urls yesconda config --show

004 环境管理

conda info --envs # 查看环境 conda create -n myenv  # 创建一个环境 source activate myenv  # 激活进入 myenv环境 conda deactivate # 退出当前环境 conda env remove --name myenv # 移除环境

005 安装软件

  • 从conda网页内查找:http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
  • conda search PACKAGENAME:运行命令查找是否存在
  • conda 安装R语言以及R包示例
conda info --envs # 查看环境conda create -n R3.5  # 创建名为R3.5的环境source activate R3.5  conda list            #查看当前安装的软件conda install r-base #安装R语言conda install r-stringi # R包 以 r- 开头 conda deactivate # 退出当前环境
  • 安装指定版本

              conda install numpy=1.11:即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11
    
              conda install numpy==1.11:即精确安装numpy为1.11的版本
    

参考资料

conda管理生信软件一文就够–生信技能树

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