texshade的多序列比对美化

时间:2021-6-5 作者:qvyue

一、软件的下载:

1)中文的 LaTeX – CTEX:

http://www.ctex.org/CTeXDownload

2)LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker

http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe

3)TEXshade宏包

http://raindy.ys168.com/

二、软件的安装:

1) 直接双击运行下载的CTEX,安装过程中,可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件

2)双击安装Texmaker,直接下一步下一步安装,直至出现下面窗口后,点击“Close”完成

3)将 texshade.zip 压缩包解出来,最好放在非系统盘下,如本例路径为 D:TEXshade,注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。

4) 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”,调出Windows 的命令行窗口,将当前路径转到 TEXshade所在的目录下( D:TEXshade),如下图所示,此时输入“Latex texshade.ins”,回车,如果出现下图的信息,说明编译通过(路径中不应存在中文)。

D:
cd D:texshadetexshade
Latex texshade.ins
texshade的多序列比对美化
image

5)重复输入“Latex texshade.ins”再次编译,texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口,返回到TEXshade目录,此时比先前多了一些文件,这些是都编译生成的,如:AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

三、软件应用

以上安装步骤在网站上都能找到,但是如何使用texshade软件出图,网上并没有报道,以下是个人经验:

打开Texmaker文件,配置不需要更改,首先创建.tex文件,然后保存,输入以下代码,记住一定要保存之后,在运行,才可以运行。脚本必须放在和texshade.sty一样的文件中

示例如下:

documentclass[15pt,a4paper]{report}
usepackage{texshade}
begin{document}
  begin{texshade}{D:/texshade/texshade/AQPpro.MSF}
  shadingmode[standard area]{functional}
    setends{1}{138..170}
    showlegend
    shadeallresidues
  end{texshade}
end{document}
bibliographystyle{IEEEtran}##加入以下两句话可以出图,不然提示没引用
bibliography{IEEEabrv,REFS}

结果如下:

texshade的多序列比对美化
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其余用法举例如下:
tintblock{1}{138..145,150..170}#虚化
texshade的多序列比对美化
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feature{top}{1}{138..145,150..170}{helix}{membr.}
texshade的多序列比对美化
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 showsequencelogo{top}#展示logo
texshade的多序列比对美化
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更多展示方式请参考:texshade.pdf
注意:结果pdf文件不可以用AI和PS转换,但是可以使用迅捷PDF等PDF相关软件转换成TIFF和png格式

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