SRA数据下载

时间:2021-7-9 作者:qvyue

追加评论:sratoolkit真垃圾!!!!!不要用了。不推荐,完全不推荐!!!!

最近开始了参与另外一个方向,所以需要学习新东西啦。

下载sratoolkit工具,用于从NCBI下载数据。
第一次下载了最新版本(sratoolkit.2.10.9-centos_linux64),但是运行的时候报错:

./fastq-dump: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./fastq-dump)

嗯~~生气!!~
查看了下服务器上GLIBC的版本:

strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC

显示服务器上安装的最高版本是GLIBC_2.12。

因为升级GLIBC真的好麻烦,而且还需要管理员权限。
所以,换一个思路。
选择一个低版本的sratoolkit吧。
换成sratoolkit.2.8.2-centos_linux64.tar.gz
下载地址:

https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/

解压缩

cd bin
./fastq-dump

完美解决!

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